Terapia czaszkowo-krzyżowa jest delikatną i nieinwazyjną formą terapii manualnej, która poprawia naturalne mechanizmy autoregulacyjne ustroju. Podstawy teoretyczne oparte są na jednym z nowszych odkryć z zakresu fizjologii człowieka - układzie kranio-sakralnym. Opisywany jest on zazwyczaj jako półzamknięty system hydrauliczny, ograniczony układem opon mózgowo-rdzeniowych. Podstawową funkcją systemu jest utrzymywanie optymalnej homeostazy w wewnątrzustrojowej gospodarce płynem mózgowo-rdzeniowym. Trwająca nieprzerwanie produkcja i absorpcja płynu mózgowo-rdzeniowego prowadzą do cyklicznych zmian jego ciśnienia, które zgodnie z podstawowymi zasadami kinetyki cieczy, przekładają się na wzrosty i spadki ciśnienia wywieranego na ściany układu kranio-sakralnego. Upośledzenie mechanizmów autoregulacji może prowadzić do zaburzeń funkcji organizmu, zwłaszcza w zakresie kontrolowanym przez ośrodki zlokalizowane w ośrodkowym układzie nerwowym.